ابن مجموعه در دوره تیموریان در سده نهم هجری قمری توسط امیر جلال الدین چخماق شامی که به حکومت یزد منسوب شده بود، با کمک همسرش فاطمه خاتون ساخته شده است. این مجموعه شامل بناهایی چون مسجد امیر چخماق یا مسجد جامع نو،بقعه ستی فاطمه، تکیه امیر چقماق، مدرسه، بازار حاجی قنبر، خانقاه، نخل و آب انبار است. میدانی با همین نام در شمال مسجد قرار دارد که مرکز شهر یزد محسوب میشود. آب انبار و بازار حاجی قنبر که در پشت تکیه قرار دارند، در زمانهای پس از حیات امیر چقماق ساخته شدهاند.
شبستان مسجد در قسمت جنوبی آن قرار گرفته و شامل صحن اصلی در وسط و دو رواق در طرفین است. محراب اصلی مسجد با کاشی معرق مقرنس کاری شده است و چهار بار عبارت الله، محمد، علی به خط کوفی در آن نقش شده است. گنبد مسجد از نوع خمیده و ترکدار است و با کاشی سبز رنگ پوشیده شده است. بر دور گنبد عبارت السلطان ظل الله تکرار شده است.
